日本秘密谍报组织“SEEK”的精英忍者凯海，因女友意外丧生而陷入悲痛。此时首领紧急召见，命他营救同僚、夺回危险液体“RDX@”，并阻止极道头子国木的野心。当现代忍者再度现身，一场守护日本的暗战就此展开。