普通高中生高坂京介意外发现妹妹桐乃隐藏的御宅族身份与对哥哥的特殊情感，平静生活因此掀起波澜。当兄妹关系遭遇奇妙转变，一系列啼笑皆非的故事就此展开。

在遥远的未来，神州·日本被各国分割统治，巨大的都市舰“武藏”航行于天际。随着历史再现的“圣谱”指引，一群胸怀不同信念与决意的学生们，将在这片重合的中世纪舞台上，展开关乎未来的学园国家抗争。